Assassin's Creed Shadows oznacza najnowszy wpis w kultowej serii, ale jego ustawienie w feudalnej Japonii pozycjonuje go w środku rozległej harmonogramu historycznego franczyzy. Seria Assassin's Creed nie przestrzega liniowego postępu przez historię; Zamiast tego skacze w czasie, badając kluczowe momenty od wojny peloponeńskiej w starożytnej Grecji do przeddzień pierwszej wojny światowej.
Dzięki 14 gier głównym i liczeniu, oś czasu tych wydarzeń staje się coraz bardziej skomplikowany. IGN skrupulatnie przeanalizował każdy kawałek wiedzy, aby skonstruować kompleksową oś czasu, która umieszcza wszystkie kluczowe zdarzenia w sadze Assassin's Creed w porządku chronologicznym.
Przed zanurzeniem się na osi czasu konieczne jest zrozumienie wiedzy. W czasach starożytnych wysoce zaawansowana rasa znana jako ISU rządziła Ziemią. Te podobne do Boga istoty zaprojektowały ludzkość, aby służyli jako ich niewolnicy, kontrolując je potężnymi artefaktami zwanymi jabłkami Eden. Jednak ludzie, prowadzeni przez Ewę i Adama, zbuntowali się po kradzieży jabłka, wywołując dziesięcioletnią wojnę. Kataklizmiczny rozbłysk słoneczny ostatecznie zniszczył ISU, pozostawiając ludzkość do odbudowy z popiołów.
Podczas wojny peloponezjskiej w Grecji najemnik Kassandra odkrywa kult Kosmos, tajną grupę manipulującą konfliktem. Wśród jego członków jest jej brat Alexios, który został uprowadzony przez kult jako dziecko i przekształcony w potężną broń. Kassandra dowiaduje się o swojej linii dla legendarnego króla Spartana Leonidasa, bezpośredniego potomka ISU. Jej misją jest zdemontowanie planów kultu, które obejmują użycie urządzenia ISU do przewidywania i kontrolowania wyniku wojny. Kassandra udaremnia kult, niszczy urządzenie i ponownie łączy się z ojcem Pitagorasem, który powierzy jej sztab Hermes, przyznając jej nieśmiertelność jako strażnika Atlantydy.
Zakon Kleopatry, Zakon starożytnych, innej mrocznej organizacji, porywa Bayeka i jego syna, próbując odblokować sklepienie ISU. Bayek, niezdolny do otwarcia sklepienia, przypadkowo zabija syna podczas ucieczki, podsycając jego dążenie do zemsty. Wraz z żoną Ayą rozbijają kontrolę zarządu nad Egiptem, dowiadując się, że porządek ma na celu zdominowanie globalnej polityki i religii za pomocą artefaktów ISU. W odpowiedzi Bayek i Aya znaleźli ukryte, tajne społeczeństwo szpiegów i zabójców.
Prawie sto lat później ukryte ustanowiły twierdze, w tym Alamut w Iranie. Basim, złodziej ulicy z Bagdadu, dołącza do swoich szeregów i ma za zadanie udaremnić plany zamówienia dostępu do świątyni ISU pod Alamut. Wewnątrz Basim odkrywa, że jest reinkarnacją Lokiego, isu, który kiedyś tam uwięziony, i przysięga pomścić swoje poprzednie życie.
Basim kontynuuje swoją misję z klanem Wikingów w Anglii, gdzie Sigurd i jego rodzeństwo eivor starają się ustanowić swoją osadę, Raventhorpe. Odkrywają tyranią króla Alfreda, członka Zakonu starożytnych. Sigurd, pod wpływem artefaktu ISU, uważa się za Boga. Basim ujawnia, że Eivor i Sigurd są odpowiednio reinkarnacjami Odin i Týr, i próbuje dokonać zemsty. Eivor uwięził Basima w symulacji ISU, a po pokonaniu króla Alfreda wraca do Ravensthorpe jako bohater.
W XII wieku ukryte ewoluują w Bractwo zabójcy. Ich przeciwnicy, porządek starożytnych, przekształcają się w templariuszy. Podczas trzeciej krucjaty zabójca Altaïr Ibn-La'ahad zamierza odzyskać jabłko Eden skradzionego przez templariuszy. Jego misja prowadzi go do zamordowania dziewięciu liderów templariuszy, odkrywając spisek mający na celu wykorzystanie Apple do dominacji świata. Altaïr dowiaduje się o zdradzie swojego mentora Al Mualima i zabija go, biorąc przywództwo braterstwa.
W Renaissance Włochy Ezio Auditore da Firenze szuka zemsty na templariuszy za morderstwo swojej rodziny. Dzięki innowacjom Leonardo Da Vinci, Ezio walczy z rodziną Borgia, zabezpieczając jabłko Edenu. W sklepie Watykańskim spotyka ISU Minervę, który ostrzega przed zbliżającą się apokalipsą w 2012 r. I wskazuje na sieć sklepień ISU jako zbawienia ludzkości.
Po pokonaniu papieża w walce, ale oszczędzaniu życia, Ezio staje w obliczu konsekwencji, gdy armia papieska chwyta jabłko Edenu. Odbudowuje osłabione bractwo zabójcy, odzyskuje jabłko i ukrywa je w sklepieniu ISU pod Koloseum.
Poszukiwanie wiedzy Ezio do ISU prowadzi go do Masyafa, gdzie templariusze szukają biblioteki Altaïra. Ezio sojusznicy z osmańskimi zabójcami w Konstantynopolu, aby udaremnić templariuszy. W bibliotece znajduje szczątki Altaïra i wiadomość ISU od Jupitera o danych kluczowych dla przetrwania ludzkości. Ezio zostawia jabłko zamknięte w środku i przechodzi na emeryturę, później ulegając jego obrażeniom.
Szczegóły dotyczące fabuły Assassin's Creed Shadows są rzadkie, ale podąża za afrykańskim najemnikiem, Yasuke, który przybywa do Japonii z jezuickim misjonarzem. Dołącza do sił Odea Nobunaga jako samuraja i uczestniczy w inwazji na Igę. Tutaj spotyka Naoe, shinobi i oboje jednoczą się przeciwko wspólnemu wrogowi.
W złotym wieku piractwa Edward Kenway zostaje uwikłany w templariuszy po zabiciu zabójcy. Uczy się o ich poszukiwaniu obserwatorium, urządzenia ISU do szpiegowania ludzi. Edward Allies z piratami, w tym Sage Bartholomew Roberts, w celu zakłócenia planów templariuszy. Po odzyskaniu artefaktu Obserwatorium Edward zabójuje lidera templariuszy i wraca do Anglii.
Shay Patrick Cormac, wysłany przez Bractwo zabójcy w celu odzyskania artefaktu ISU, nieumyślnie powoduje niszczycielskie trzęsienie ziemi w Lizbonie. Wady winy, wady Shay, kradnące mapę świątyń ISU braterstwa. Uratowany przez templariuszy, wznosi się na ich szeregi, ostatecznie konfrontując swojego byłego mentora Achillesa w Arktyce. Shay sugeruje wywołanie rewolucji we Francji, przygotowując scenę na przyszłe wydarzenia.
Haytham Kenway, starając się odblokować Wielką Świątynię ISU, zawodzi, ale ojciec dziecko z Kaniehti: Io. Ich syn, Ratonhnhaké: Ton (Connor), zostaje zabójcą po zniszczeniu swojej wioski. Wśród rewolucji amerykańskiej Connor eliminuje templariuszy w siłach brytyjskich i konfrontuje się z ojcem Haythamem, ostatecznie zabijając go, aby uniemożliwić templariuszom kontrolowanie narodu.
W Nowym Orleanie Aveline de Grandpré odkrywa spisek templariuszy mający na celu kontrolowanie Luizjany poprzez niewolnictwo i artefakty ISU. Zwycięży komponenty urządzenia ISU, dysku proroctwa i dowiaduje się o lojalności tempmatycznej. Po pokonaniu jej Aveline aktywuje dysk, ujawniając historię buntu Ewy przeciwko ISU.
Orandyzowany Arno Dorian dołącza do Bractwa zabójcy, aby pomścić morderstwo przybranego ojca przez Shaya Cormaca. Ich dochodzenie prowadzi do ekstremistycznego ekstremistycznego François-Thomasa Germaina, który wywołuje rewolucję francuską. Arno i jego siostra Élise konfrontują się z Germainem, który został ujawniony jako mędrzec. Po śmierci Germaina Arno zabezpiecza swoje szczątki w Paryżu katakumb.
W wiktoriańskim Londynie bliźniacze zabójcy Jacob i Evie Frye szukają całunu Eden. Odkrywają kontrolę templariuszy nad miastem i dzielą swoje wysiłki: Jacob kieruje liderów templariuszy, a Evie szuka osłonięcia. Po zamordowaniu lidera templora Crawforda Starricka, zabezpieczają osłonę w sklepieniu pod pałacem Buckingham.
Seria Assassin's Creed wykorzystuje opowieść o kadrowaniu osadzoną w epoce współczesnej. W tym okresie templariusze ustanawiają Abstergo Industries, firmę farmaceutyczną i opracowują Animus, urządzenie do eksploracji wspomnień przodków. Abtergo ma na celu kontrolowanie przyszłości poprzez odkrywanie artefaktów ISU.
Desmond Miles, barman, zostaje uprowadzony przez Abstergo, aby zlokalizować artefakty ISU poprzez wspomnienia swojego przodka Altaïra. Z pomocą Assassin Mole Lucy Stillman Desmond ucieka i dołącza do Bractwa. Odkrywając wspomnienia Ezio, Desmond dowiaduje się o zbliżającej się apokalipsie i odkrywa jabłko Edenu. Juno, nikczemny ISU, posiada Desmonda, prowadząc go do zabicia Lucy i wpadania w śpiączkę. Po przebudzeniu Desmond poświęca się na aktywację technologii ISU, która zapobiega apokalipsie, uwalniając Juno w tym procesie.
Abtergo kontynuuje poszukiwanie technologii ISU przy użyciu próbek z ciała Desmonda, koncentrując się na wspomnieniach Edwarda Kenwaya. Badacz, nazwany „noobem”, odkrywa lokalizację obserwatorium. John Standish, współczesny mędrzec, próbuje wykorzystać Noob jako gospodarza Juno, ale zostaje zabity przez bezpieczeństwo Abstergo.
Abstergo uwalnia „Helx”, publiczne oprogramowanie do doświadczania wspomnień genetycznych. Inicjat, kierowany przez zabójcę biskupa, bada życie Arno Doriana, aby zlokalizować szczątki mędrca François-Thomasa Germaina, które są zabezpieczone w Paris Catacumbs.
Inicjat poszukuje całunów Eden przez wspomnienia Jacoba i Evie Frye. Abtergo pobiera osłonę, zamierzając stworzyć żywą ISU. Juno manipuluje pracownikami Abstergo w celu sabotowania tego planu.
Layla Hassan, badacz Abtergo, opracowuje nową wersję animusu i używa DNA Bayek i Ayi do zbadania pochodzenia ukrytych. Zatrudniona jest przez Bractwo zabójców.
Używając DNA z włóczni Leonidasa, Layla przeżywa wspomnienia Kassandry i odkrywa Atlantis. Kassandra, utrzymywany przy życiu przez personel Hermesa, ujawnia rolę Layli w utrzymaniu równowagi między zabójcami a templarami. Kassandra umiera po przekazaniu personelu Layli.
Layla i zabójcy badają Wiking pozostają do odkrycia wspomnień Eivora, odkrywając komputer Yggdrasil. Layla wchodzi do symulacji, aby ustabilizować pole magnetyczne Ziemi, napotykając świadomość Basima i Desmonda, „Czytelnik”. Porzuca swoją śmiertelną formę, aby zapobiec przyszłym apokalipsom, podczas gdy Basim ucieka z personelem Hermesa, dołączając do zabójców w poszukiwaniu dzieci Lokiego.