Assassin Creed Shadows đánh dấu mục mới nhất trong loạt phim mang tính biểu tượng, nhưng bối cảnh của nó ở Nhật Bản định vị nó ở điểm giữa của dòng thời gian lịch sử rộng lớn của nhượng quyền thương mại. Sê -ri Assassin Creed không theo tiến trình tuyến tính thông qua lịch sử; Thay vào đó, nó nhảy vọt theo thời gian, khám phá những khoảnh khắc quan trọng từ Chiến tranh Peloponnesian ở Hy Lạp cổ đại đến đêm trước Chiến tranh thế giới thứ nhất.
Với 14 trò chơi chính và đếm, dòng thời gian của những sự kiện này ngày càng trở nên phức tạp. IGN đã phân tích tỉ mỉ mọi phần truyền thuyết để xây dựng một dòng thời gian toàn diện, đặt tất cả các sự kiện quan trọng trong câu chuyện Assassin Creed theo thứ tự thời gian.
Trước khi lặn vào dòng thời gian, điều cần thiết là phải hiểu về truyền thuyết. Vào thời cổ đại, một chủng tộc rất tiên tiến được gọi là ISU cai trị Trái đất. Những sinh vật giống như Thiên Chúa đã thiết kế nhân loại để phục vụ như những nô lệ của họ, kiểm soát chúng bằng những cổ vật mạnh mẽ được gọi là Táo của Eden. Tuy nhiên, con người, do Eve và Adam dẫn đầu, đã nổi loạn sau khi đánh cắp một quả táo, gây ra một cuộc chiến kéo dài một thập kỷ. Một ngọn lửa mặt trời thảm khốc cuối cùng đã xóa sạch ISU, khiến loài người phải xây dựng lại từ đống tro tàn.
Trong cuộc chiến tranh Peloponnesian ở Hy Lạp, lính đánh thuê Kassandra đã phát hiện ra sự sùng bái Kosmos, một nhóm bí mật thao túng cuộc xung đột. Trong số các thành viên của nó có anh trai Alexios, người bị giáo phái bắt cóc khi còn nhỏ và biến thành một vũ khí đáng gờm. Kassandra biết về dòng dõi của mình với Vua Spartan huyền thoại Leonidas, một hậu duệ trực tiếp của ISU. Nhiệm vụ của cô là dỡ bỏ các kế hoạch của giáo phái, liên quan đến việc sử dụng một thiết bị ISU để dự đoán và kiểm soát kết quả của chiến tranh. Kassandra cản trở sự sùng bái, phá hủy thiết bị và được đoàn tụ với cha cô Pythagoras, người giao cho cô nhân viên của Hermes, trao cho cô bất tử là người giám hộ của Atlantis.
Lấy bối cảnh trong triều đại của Cleopatra, trật tự của người xưa, một tổ chức bóng tối khác, bắt cóc Bayek và con trai mình trong nỗ lực mở khóa một kho tiền ISU. Bayek, không thể mở kho tiền, vô tình giết chết con trai mình trong khi trốn thoát, thúc đẩy hành trình báo thù của mình. Cùng với vợ Aya, họ tháo dỡ quyền kiểm soát của Ai Cập, biết rằng trật tự nhằm mục đích thống trị chính trị và tôn giáo toàn cầu bằng cách sử dụng các hiện vật của ISU. Đáp lại, Bayek và Aya đã tìm thấy những người ẩn giấu, một xã hội bí mật của các gián điệp và sát thủ.
Gần một thế kỷ sau, những người ẩn giấu đã thành lập các thành trì, bao gồm cả Alamut ở Iran. Basim, một tên trộm đường phố từ Baghdad, gia nhập hàng ngũ của họ và được giao nhiệm vụ cản trở các kế hoạch của đơn đặt hàng để truy cập vào một ngôi đền ISU bên dưới Alamut. Bên trong, Basim phát hiện ra anh ta là một tái sinh của Loki, một ISU đã từng bị giam cầm ở đó, và thề sẽ trả thù kiếp trước.
Basim tiếp tục nhiệm vụ của mình với một gia tộc Viking ở Anh, nơi Sigurd và anh chị em của anh ta tìm cách thiết lập khu định cư của họ, Ravensthorpe. Họ khám phá sự chuyên chế của Vua Alfred, một thành viên của trật tự của người xưa. Sigurd, bị ảnh hưởng bởi một cổ vật ISU, tin rằng mình là một vị thần. Basim tiết lộ rằng Eivor và Sigurd lần lượt là sự tái sinh của Odin và Týr, và cố gắng trả thù chính xác. Eivor bẫy Basim trong một mô phỏng ISU, và sau khi đánh bại King Alfred, trở lại với Ravensthorpe như một anh hùng.
Vào thế kỷ thứ 12, những người ẩn giấu tiến hóa thành Assassin Brotherhood. Những kẻ thù của họ, trật tự của người xưa, biến thành Hiệp sĩ Templar. Trong cuộc thập tự chinh thứ ba, Assassin Altaïr Ibn-la'ahad nhằm mục đích lấy một quả táo Eden bị đánh cắp bởi các Templar. Nhiệm vụ của anh ta dẫn anh ta ám sát chín nhà lãnh đạo Templar, phát hiện ra một âm mưu sử dụng Apple để thống trị thế giới. Altaïr biết về sự phản bội của người cố vấn Al Mualim và giết chết anh ta, lãnh đạo tình huynh đệ.
Tại thời Phục hưng Ý, Ezio Auditore Da Firenze tìm cách trả thù các Templar vì vụ giết người của gia đình anh ta. Với những đổi mới của Leonardo Da Vinci, Ezio chiến đấu với gia đình Borgia liên kết với Templar, đảm bảo một quả táo của Eden. Bên trong một hầm Vatican, anh ta gặp ISU Minerva, người cảnh báo về một ngày tận thế sắp xảy ra vào năm 2012 và gợi ý về một mạng lưới của ISU Vaults là sự cứu rỗi của loài người.
Sau khi đánh bại Giáo hoàng trong chiến đấu nhưng bỏ qua cuộc sống của mình, Ezio phải đối mặt với hậu quả khi Quân đội Giáo hoàng chiếm giữ Apple of Eden. Anh ta xây dựng lại tình huynh đệ sát thủ suy yếu, đòi lại quả táo và giấu nó trong một kho tiền ISU bên dưới Đấu trường La Mã.
Nhiệm vụ của Ezio cho kiến thức ISU dẫn anh đến Masyaf, nơi các Templar tìm kiếm thư viện của Altaïr. Các đồng minh của Ezio với các sát thủ Ottoman ở Constantinople để cản trở các Templar. Bên trong thư viện, anh tìm thấy hài cốt của Altaïr và một thông điệp ISU từ Sao Mộc về dữ liệu quan trọng cho sự sống còn của loài người. Ezio để lại quả táo bị khóa bên trong và nghỉ hưu, sau đó chịu thua vết thương.
Chi tiết về cốt truyện của Assassin Creed Shadows rất thưa thớt, nhưng nó theo một lính đánh thuê châu Phi, Yasuke, người đến Nhật Bản với một nhà truyền giáo Dòng Tên. Anh ta gia nhập lực lượng của Oda Nobunaga với tư cách là một samurai và tham gia vào cuộc xâm lược IGA. Tại đây, anh gặp Naoe, một Shinobi và hai người đoàn kết chống lại một kẻ thù chung.
Trong thời kỳ hoàng kim của vi phạm bản quyền, Edward Kenway trở nên vướng vào các Templar sau khi giết chết một kẻ ám sát. Anh ta biết về cuộc tìm kiếm của họ cho Đài quan sát, một thiết bị ISU để theo dõi con người. Các đồng minh của Edward với Cướp biển, bao gồm cả Sage Bartholomew Roberts, để phá vỡ các kế hoạch của Templars. Sau khi lấy lại cổ vật của Đài quan sát, Edward ám sát người lãnh đạo Templar và trở về nước Anh.
Shay Patrick Cormac, được gửi bởi Assassin Brotherhood để lấy một cổ vật ISU, vô tình gây ra một trận động đất tàn khốc ở Lisbon. Guilt-Ridden, Shay khiếm khuyết, đánh cắp bản đồ của các ngôi đền ISU của Brotherhood. Được giải cứu bởi các Templar, anh ta lên hàng ngũ của họ, cuối cùng đối đầu với người cố vấn cũ Achilles của mình ở Bắc Cực. Shay đề nghị gây ra một cuộc cách mạng ở Pháp, tạo tiền đề cho các sự kiện trong tương lai.
Haytham Kenway, tìm cách mở khóa ngôi đền lớn của ISU, thất bại nhưng cha là một đứa trẻ với Kaniehti: Io. Con trai của họ, Ratonhnhaké: Ton (Connor), trở thành một kẻ ám sát sau khi phá hủy ngôi làng của anh ta. Giữa cuộc cách mạng Mỹ, Connor loại bỏ các Templar trong lực lượng Anh và đối đầu với cha mình Haytham, cuối cùng giết anh ta để ngăn chặn các Templar kiểm soát quốc gia.
Ở New Orleans, Aveline de Grandpré phát hiện ra một âm mưu của Templar để kiểm soát Louisiana thông qua chế độ nô lệ và các cổ vật ISU. Cô tập hợp các thành phần của một thiết bị ISU, đĩa tiên tri và học hỏi về lòng trung thành của người mẹ kế. Sau khi đánh bại cô, Aveline kích hoạt đĩa, tiết lộ câu chuyện về cuộc nổi loạn của Eve chống lại ISU.
Orphaned Arno Dorian gia nhập Assassin Brotherhood để trả thù cho vụ giết người cha nuôi của mình bởi Shay Cormac. Cuộc điều tra của họ dẫn đến Templar cực đoan François-Thomas Germain, người đã gây ra cuộc cách mạng Pháp. Arno và chị gái của anh ta đối đầu với Germain, người được tiết lộ là một nhà hiền triết. Sau cái chết của Germain, Arno bảo vệ hài cốt của mình trong hầm mộ Paris.
Ở Victoria London, những kẻ ám sát sinh đôi Jacob và Evie Frye tìm kiếm Shroud of Eden. Họ phát hiện ra sự kiểm soát của Templar đối với thành phố và chia rẽ những nỗ lực của họ: Jacob nhắm vào các nhà lãnh đạo Templar, trong khi Evie tìm kiếm Shroud. Sau khi ám sát người lãnh đạo Templar Crawford Starrick, họ bảo vệ tấm vải liệm trong một kho tiền bên dưới Cung điện Buckingham.
Sê -ri Assassin Creed sử dụng một câu chuyện đóng khung được đặt trong thời kỳ hiện đại. Trong giai đoạn này, các Templars thành lập ABSTERGO Industries, một công ty dược phẩm và phát triển Animus, một thiết bị để khám phá những ký ức tổ tiên. Abstergo nhằm mục đích kiểm soát tương lai bằng cách khám phá các cổ vật ISU.
Desmond Miles, một nhân viên pha chế, bị bắt cóc bởi abstergo để xác định các cổ vật của ISU thông qua ký ức của tổ tiên Altaïr. Với sự giúp đỡ từ Assassin Mole Lucy Stillman, Desmond trốn thoát và tham gia tình huynh đệ. Khám phá ký ức của Ezio, Desmond biết về một ngày tận thế sắp xảy ra và phát hiện ra một quả táo của Eden. Juno, một nhân vật phản diện ISU, sở hữu Desmond, dẫn anh ta giết Lucy và rơi vào tình trạng hôn mê. Khi thức tỉnh, Desmond hy sinh bản thân để kích hoạt công nghệ ISU ngăn chặn ngày tận thế, phát hành Juno trong quá trình này.
Abstergo tiếp tục tìm kiếm công nghệ ISU bằng cách sử dụng các mẫu từ cơ thể của Desmond, tập trung vào ký ức của Edward Kenway. Một nhà nghiên cứu, được đặt tên là "The Noob", phát hiện ra vị trí của đài quan sát. John Standish, nhà hiền triết thời hiện đại, cố gắng sử dụng Noob làm chủ nhà cho Juno nhưng bị giết bởi an ninh abstergo.
Abstergo phát hành "Helix", một phần mềm công cộng để trải nghiệm ký ức di truyền. Một đồng tu, được hướng dẫn bởi Assassin Giám mục, khám phá cuộc sống của Arno Dorian để xác định vị trí của Sage François-Thomas Germain, được bảo đảm trong hầm mộ Paris.
Các bắt đầu tìm kiếm Tấm vải liệm của Eden thông qua ký ức của Jacob và Evie Frye. Abstergo lấy lại tấm vải liệm, có ý định tạo ra một ISU sống. Juno thao túng nhân viên abstergo để phá hoại kế hoạch này.
Layla Hassan, một nhà nghiên cứu abstergo, phát triển một phiên bản Animus mới và sử dụng DNA của Bayek và Aya để khám phá nguồn gốc của những người ẩn giấu. Cô được tuyển dụng bởi Assassin Brotherhood.
Sử dụng DNA từ ngọn giáo của Leonidas, Layla làm sống lại ký ức của Kassandra và phát hiện ra Atlantis. Kassandra, được giữ bởi các nhân viên của Hermes, cho thấy vai trò của Layla trong việc duy trì sự cân bằng giữa các sát thủ và các nhiệm kỳ. Kassandra chết sau khi chuyển các nhân viên cho Layla.
Layla và Assassins điều tra Viking vẫn còn để khám phá những ký ức của Eivor, phát hiện ra máy tính Yggdrasil. Layla bước vào mô phỏng để ổn định từ trường của Trái đất, gặp phải ý thức của Basim và Desmond, "người đọc". Cô từ bỏ hình thức phàm trần của mình để ngăn chặn những ngày tận thế trong tương lai, trong khi Basim trốn thoát với các nhân viên của Hermes, tham gia cùng với các sát thủ để tìm kiếm con của Loki.